木瓜蛋白酶是蛋白水解酶。木瓜蛋白酶是番木瓜中含有低特异性蛋白水解酶，地存在于番木瓜的根、茎、叶和果实内，。木瓜蛋白酶的活性中心含半胱氨酸，属于巯基蛋白酶等特点，因此在食品、饲料、日化、皮革及纺织等行业得到应用。

饼干、面包、面条的生产与加工——饼干：降低面筋，可塑性强，亲性好，不收缩变形，层次较多，酥松爽口，柔润光亮。面包：增加容积，松软和食感变好，保存时间变长。挂面：硬直，风味好。啤酒、果汁饮料澄清剂——保持产品澄清稳定，防浑浊和去浑浊，在啤酒麦汁制造中，对麦芽的糖力有明显的提高，能加快过滤使滤渣较爽。

利用木瓜蛋白酶的酶促反应, 将面团的蛋白质降解为小分子的肤或氨基酶, 降低了面团的拉伸阻力, 使面团变得柔软、更有可塑性, 减少弹性, 易于成型。