果胶酶由黑曲霉经发酵精制而得。果胶酶外观呈浅黄色粉末状。果胶酶主要用于果蔬汁饮料及果酒的榨汁及澄清，对分解果胶有的作用。

一般为灰白色粉末，或棕黄色液体。商业用果胶酶的有效成分主要有三种酶。一种是果胶甲酯酶(Pectinpectylhydrolase)(EC3.1.1.11)，主要作用为催化甲酯果胶以脱去甲酯基，产生聚半乳糖醛酸苷键和甲醇。

用于增加果汁产量和澄清度，也用于麻的脱胶用途适用于纺织、服装、酿造、食品、造纸等行业；促进果胶水解蔗糖和半乳糖醛酸用途果胶酶可催化果胶中的甲酯水解，以及将多聚半乳糖醛酸分解成较小分子多聚物。可作为饮料的澄清剂，也用于橘子脱囊衣等。