木瓜蛋白酶是蛋白水解酶。木瓜蛋白酶是番木瓜中含有低特异性蛋白水解酶，地存在于番木瓜的根、茎、叶和果实内。木瓜蛋白酶的活性中心含半胱氨酸，属于巯基蛋白酶等特点，因此在食品、饲料、日化、皮革及纺织等行业得到应用。

饼干、面包、面条的生产与加工——饼干：降低面筋，可塑性强，亲性好，不收缩变形，层次较多，酥松爽口，柔润光亮。面包：增加容积，松软和食感变好，保存时间变长。挂面：硬直，风味好。

主要用于啤酒抗寒(水解啤酒中的蛋白质,避免冷藏后引起的浑浊)、肉类软化(水解鸡肉蛋白和胶原蛋白,使肉类嫩化)、谷类预煮的准备、水解蛋白质的生产。利用木瓜蛋白酶的酶促反应,可把食品中分子的蛋白质水解成易于吸收的小分子肽或氨基酸。食品添加剂是有意识地一般以少量添加于食品，以改善食品的外观、风味和组织结构或贮存性质的非营养物质。按照这一定义，以增强食品营养成分为目的的食品强化剂不应该包括在食品添加剂范围内。